Em 6 de janeiro de 1873, foi assassinado por seu sobrinho, Agustín Morales Hernández, que havia chegado à presidência da Bolívia depois de haver derrotado Mariano Melgarejo, em 1872. O mandato de Morales foi considerado como ilegítimo pela forma como havia conseguido chegar ao poder. Graças à complacência do Congresso Nacional Comum, ele finalmente conseguiu chegar à indicação constitucional. Tinha um temor obsessivo pela oposição e pela possibilidade de ser derrotado, razão pela qual vivia em permanente estado de receio e desconfiança. Pouco antes de dissolver o parlamento, reagindo a determinadas informações pouco sérias, acusou seus colaboradores imediatos de traidores, agredindo a um deles, o Coronel José Lavandez. Para impedir seus excessos, interveio seu ajudante de campo e sobrinho, o tenente-coronel Federico Lafave, a quem também golpeou. Incapaz de suportar o ultraje, Lafave sacou seu revólver e disparou a queima-roupa os sete projéteis de sua arma.
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