Em 21 de junho de 1662, o Padre Antônio Vieira foi intimado a depor no Tribunal da Inquisição. O religioso português respondeu a um processo por "delito de heresia". Para se defender da acusação, ele escreveu a "Resposta aos 25 Capítulos".
A Inquisição acusava o padre de defender os judeus e de acreditar em crenças sebastianistas (que profetizavam a volta do de D. Sebastião, rei português desaparecido em batalha em 1578). Após o depoimento, seus argumentos foram ignorados e Vieira primeiramente foi proibido de voltar ao Brasil, onde havia se destacado como missionário. Além disso, foi impedido de pregar.
Sua condenação definitiva foi proferida em 1664, após um longo processo. Como resultado, o religioso ficou recluso em um colégio dos jesuítas, em Coimbra, entre 1º de outubro de 1665 e 23 de dezembro de 1667, quando sua prisão foi transferida para a Casa do Noviciado dos jesuítas, em Lisboa. Em 30 de junho de 1668, o Padre Antônio Vieira recebeu o perdão das penas.
Depois de sua soltura, o padre elaborou um relatório de duzentas páginas sobre os abusos de poder da Inquisição em Portugal. O material fez com que o Papa Inocêncio XI decidisse pela suspensão dos tribunais entre os anos de 1674 a 1681.
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