No dia 22 de agosto de 2003, o VLS-1 V3 (Veículo Lançador de Satélites) brasileiro explodiu na base de Alcântara, três dias antes do seu lançamento, matando 21 cientistas. O objetivo da missão, nomeada Operação São Luís, era colocar o satélite meteorológico Satec do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais e o nanosatélite Unosat da Universidade do Norte do Paraná em órbita circular equatorial a 750 km de altitude.
Ainda não se sabe quais foram as reais causas do acidente. Algums teorias conspiratórias foram elaboradas, incluindo uma suposta sabotagem estrangeira. O que se sabe é que a ignição do foguete acendeu, enquanto 21 pessoas estavam na plataforma para realizar os últimos ajustes. Investigações posteriores da Aeronáutica descartaram qualquer hipótese de sabotagem.
Uma nova torre foi construída na metade de 2012. Desde o acidente apenas um teste foi feito, de integração com um modelo de VLS. De acordo com a Agência Espacial Brasileira (AEB), estaria previsto outro teste para 2013, de integração da parte elétrica com o foguete de um VLS. A agência afirma que o Brasil tem tecnologia para desenvolver o veículo.